Anthony Bourdain 1985'te lise arkadaşı Nancy Putkoski ile evlenmiş, 2005'te ise boşanmıştı.
Bourdain'in ikinci eşi ise 2007'de evlendiği, kızının da annesi olan dövüşcü Ottavia Busia'ydı.
Busia'dan da boşanan Bourdain'in geçen yıl İtalyan aktrist Asia Argento ile aşk yaşadıına dair haberler çıkmıştı.
