Japonya'ya döndüklerinde ise Sinan'ın sırlarını uygulamaya sokarak şehirlerini Sinan'ın kullandığı sistemlerle kurup muazzam gökdelenler dikmişler.
Selimiye ile ilgili bir başka hikaye ise şöyle: "Bir gün Selimiye Camii'ne girenler, kubbenin altında bir Japon'un ayaklarını kıbleye doğru uzatmış sırtüstü yattığını görmüşler.Tabii hemen Japon'u, "Burası kutsal bir yer. Bu şekilde yatmak bizim inançlarımıza göre saygısızlıktır. Lütfen oturun veya ayakta durun" diyerek uyarmışlar. Ancak, Japon gözlerini kubbeden ayırmadan söyle sayıklıyormuş; "Bu imkansız. Ben yılların mühendisiyim. Bu kubbe var olamaz. Hayal görüyorum.Bu kubbenin orada o şekilde durması fizik ve matematik kurallarına aykırı. Bu imkansız, orada hiçbir şey yok, orada hiçbir şey yok.
SELİMİYE CAMİİ'NİN KUBBESİ
Mimar Sinan'ın Selimiye Camii'nin kubbesini o genişliğe oturtmak için 13 bilinmeyenli bir denklemi matematiğin bilinen 4 ana işleminden farklı beşinci bir işlem yaratarak çözdüğü söylenir. Ayrıca minarelerin şerefelerine çıkanların yolda birbirlerini görmemeleri ise büyük bir bir dehanın ürünüdür. Almanlar aynı sistemi meclislerinin önündeki dev kürede kullanmışlar.
MİHRİMAH SULTAN CAMİİ'NDEKİ KUYULAR
Mimar Sinan'ın, Kanuni Sultan Süleyman'ın kızına aşkını anlatmak için yaptığı Mihrimah Sultan Camii'nin 10 yıldır süren bakım ve onarım çalışmaları sırasında, ünlü mimarın bir mühendislik sırrı daha gün yüzüne çıktı.