İki yıl süresince tonlarca taş zeminin üzerinde beklemiş. İnşaatçıların kullandığı "zeminin oturması" denen bir olay vardır. Sinan da Selimiye'nin zeminini önceden sıkıştırarak, bu şekilde zeminin oturmasını sağlamıştır.
Böylece iş bittikten sonra oluşacak olan çatlama ve kaymaların önüne geçmiştir. Temellerinin atılmasının uzun sürmesi hakkında İnşaat hızla ilerlemekte iken, Mimar Sinan bir gün ortadan kaybolmuş.
Her yeri aramışlar, ama Mimar Sinan'ı kimse bulamamış. Tam 8 yıl sonra, Mimar Sinan çıkagelmiş. Caminin kaldığı yerden devam etmesini buyurmuş. Sultan Selim, inşaatın 8 yıl beklemesine çok sinirlenmiş: "Tez getirin Sinan'ı" diye buyruk çıkartmış.
Sultan Selim bu; tüm saray eşrafı korkudan tir tir titriyor, Selim'in gazabından korkuyorlarmış. Mimar Sinan gayet sakin huzura çıkmış. Selim "anlat" demiş sadece, gözlerinden şimşekler çakıyormuş. Hazır olmasını buyurduğu celladın eli kılıcının kabzasına gitmiş.