1990 yılında Ayşem Saraçoğlu ile yaptığı evliliği bitirmiş ve 1993 yılında flört etmeye başladığı Hülya Avşar ile 1997 yılında Paris'te evlenmiştir. Bu evliliğinden, 1998 yılında Zehra adını verdikleri bir kız çocukları olmuştur.
Çift 2005 yılında boşanmış ve Kaya Çilingiroğlu 2009 yılında Feraye Tanyolaç ile evlenmiştir. Kaya Çilingiroğlu, Feraye Tanyolaç ile evlendiğinde 2,5 yaşında bir erkek çocukları vardı.
Bu süre içerisinde, çok sık bir şekilde magazin gündeminde kalmışlardır Galatasaray Yüzme Şubesinde 8 yıl süreyle yüzücülük yapan Çilingiroğlu, ardından Türk Yüzme Millî Takımının kaptanlığı görevine kadar yükselmiştir.
