Müze binası Selçuklu-Osmanlı mimarisi özelliklerinde. Birkaç katlı binanın geniş bir bahçesi var ve su kenarında.
Sabuncu, müzenin kurulacağı alanla ilgili de şu bilgileri paylaştı:
"Haliç kıyısındaki alanda konuttan konferans merkezine pek çok yapı inşa ediliyor ve buranın sahibi Fettah Tamince. Kendisinin Fethullah Gülen ile yakın ilişkisi var. 2004 yılında "Gülen idolüm" demiş, 17-25 Aralık süreci sonrası Zaman gazetesine ortak olmuş, Bank Asya'ya para yatırmış, bu konuların ayrı ayrı her biri sıradan insanlar için tutuklama ve yıllarca ceza konusu olmuşken o beraat etmiş bir isim. Hakkında açılan soruşturma Ankara Cumhuriyet Başsavcılığı'nın 10 Mayıs 2018'de verdiği takipsizlik kararıyla kapandı. Kovuşturmaya gerek yoktur, diyen savcı İsmet Bozkurt ilerleyen günlerde davalarda kurduğu 'etik dışı ilişkiler' nedeniyle HSK tarafından meslekten men edildi.
Kaynaklara göre müzenin yer alması muhtemel alanın tarihi önemi şöyle: 1455'te bu alanda Tersane-i Amire (İmparatorluk Tersanesi) kuruldu. Her gelen padişah yeni kızaklar ile savaş gemisi yapımında kullanılan havuzlar inşa ettirdi, Osmanlı donanması geliştirildi.
