1998-99 sezonunu üçüncü sırada tamamlayan Alman çalıştırıcı, Fenerbahçe macerasında 6 beraberlik ve 8 mağlubiyet yaşadı.
Sarı lacivertli takım o sezon 22 galibiyet, 6 beraberlik ve 6 mağlubiyet ile 72 puan alarak üçüncü olmuş, devre arasında yapılan yeni sezon sözleşmesi de "şampiyon olursak devam ederiz" ek maddesi nedeniyle geçersiz hale gelince Joachim Löw, 29 Mayıs 1999 tarihinde 4-1 kazandıkları Erzurumspor maçıyla birlikte Fenerbahçe kariyerini noktalamıştı.
