İlk evliliğini 1990 yılında Hamdi Vardar ile yapan Ebru Gündeş'in bu evliliği çok kısa sürmüş, ikili üç yıl sonra boşanmıştı. 49 yaşındaki sanatçı ikinci evliliğini 2002 yılında Ömer Durak ile yapmış ancak çift bir yıl sonra ayrılık kararı almıştı.

Ebru Gündeş üçüncü evliliğini ise 2010 yılında Reza Zarrab ile yapmış, ikilinin 15 Ekim 2011'de Alara adında bir kız çocukları dünyaya gelmişti. Ebru Gündeş ile Reza Zarrab 2021 yılında olaylı bir şekilde boşanmıştı.

İki yıl önce arkadaş ortamında tanışan ve o dönem Selin Kabaklı ile evli olan Murat Özdemir'in eşinden boşanır boşanmaz Ebru Gündeş'e gönlünü kaptırdığı iddia edilmişti.