1999 yılında çıkardığı “Dön Ne Olur” adlı albümünün tanıtımı sırasında basın mensupları karşısında 1 Aralık 1999 günü beyin kanaması geçirdi. Bu olay üzerine uzunca bir süre hayranlarından uzak kalan Gündeş’in bu albümü 1 milyondan fazla sattı.
Ebru Gündeş, uzun bir dinlenme sürecinin arından 11 Mart 2000 gecesi Bostancı Gösteri Merkezinde ilk konserini verdi. Bu konserin tüm gelirini Haydarpaşa Numune Eğitim ve Araştırma Vakfı Hastanesi Reanimasyon Kliniğine bağışladı. Ünlü şarkıcı, geri dönüşünün ardından Popstar Alaturka adlı ses yarışmasında jüri üyeliği yaptı. 2001 yılında çıkardığı yedinci “Ahdım Olsun” adlı albümünde Türkiye’nin en iyi söz yazarları, bestecileri ve aranjörleri ile çalışan Ebru Gündeş albüm kalitesi ve tirajıyla müzik piyasasının gündemine oturmayı yine başarmıştı.
Ebru Gündeş, 2002 yılında Ömer Durak ile ikinci evliliğini gerçekleştirdi. Ancak bazı nedenlerden dolayı bu evliliğide boşanma ile sonuçlandı 2003 yılında evliliğini bitiren sanatçı, 2003-2004 yılında “Şahane” albümü sevenleri ile buluştu. Ardında 2006 yılında “Kaçak adlı albümü müzik marketlerinde yerini aldı. bu albümü ile kariyerinin en güzel ve verimli günlerini yaşadığını söyleyerek son hız çalışmalarına devam etti ve 2008 yılında “Evet” ismini verdiği albümünü sevenleri ile buluşturdu. Sanatçı Kızıl Mavi, Ölümsüz Aşklar, Harika gibi birçok şarkısı dillerden düşmezken yeni albümünün çalışmalarına başladı.
2010 yılında Azeri iş adamı Reza Zarrab ile evlenen Gündeş’in 2011 yılında Alara adında bir kız çocuğu oldu.
