1987 yılında "Başkaldırıyorum", "İyimser Bir Gül", "Sevgi Duvarı" ve "Başım Belada" albümlerini piyasaya sürdü. Daha sonra "Dokunma Yanarsın" isimli kaydını yayımladı. Doksanlı yıllarda Raks şirketine geçen sanatçı, bu plak şirketinden de sırasıyla "Şarkılarım Dağlara", "Beni Bul", "Dosta Düşmana Karşı" ve "Yakamoz" albümlerini yayımladı.
1980'lerde "Penceresiz kaldım anne '' şarkısıyla yakaladığı başarısından sonra "Ağladıkça" isimli türkü de yükselişine katkıda bulundu.
Magazin Gazetecileri Derneği'nin 1999 yılında düzenlediği ödül töreninde yaptığı konuşma nedeniyle hakkında 10.5 yıl hapis istemiyle iki ayrı dava açılan Ahmet Kaya, aynı yıl Türkiye'den ayrıldı. Yargılandığı davalarda 3 yıl 9 ay hapis cezası verildi.
16 Kasım 2000 yılında Fransa'daki evinde kalp krizi geçirerek hayatını kaybeden Ahmet Kaya, 30.000'den fazla kişinin katıldığı törenle Paris'in Père Lachaise Mezarlığına defnedildi.
