İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığınca hazırlanan iddianamenin İstanbul 30. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından kabul edilmesiyle birlikte ilk duruşmanın 17 Eylül 2019'da Silivri'de yapılmasına karar verilmişti. Mahkeme, 17 Eylül'deki duruşmada ilk olarak örgüt elebaşı Adnan Oktar'ın savunmasını almıştı.
Sanıkların çoğu, savunmalarında haklarındaki suçlamaları ve örgüt iddialarını kabul etmeyerek beraat talebinde bulundu. Dava sürecinde bazı müştekilerin dinlenilmesi sırasında mahkeme heyetinin aldığı karar uyarınca kapalı yapıldı.
Yeni tip koronairüs (Covid-19) tedbirleri kapsamında tutuksuz sanıkların duruşmalara katılma zorunluğunu kaldırırken, buna rağmen birçok tutuksuz sanık ve izleyici duruşmaları takip etmeyi sürdürdü.
Cumhuriyet savcısı dosyaya ilişkin esas hakkındaki mütalaasını 13 Kasım 2020'de mahkemeye sunmuştu.