Osmanlı dönemine gelindiğinde, 1490’da meydana gelen fırtına, İstanbul’da büyük bir yıkıma yol açtı. Teodosus Sütunu’nun da bu fırtına sonrası yıkıldığı rivayet edilir.
1554 yılının 11 Ağustos’unda yaşanan büyük bir fırtına sırasında deniz kabarmış, dereler taşmış, köyler sular altında kalmıştı. Ağaçlar devrilirken hayvanlar sel sularında kaybolmuş, gemiler batmış ve birçok insan boğulmuştu.
Kasım 1663’te, şiddetli bir depremle aynı anda vurmuştu fırtına İstanbul’u, ve büyük zararlar vermişti. 1690 yılının 5 Haziran günü başlayan sert rüzgâr, dalgaları yükseltti ve tekneler birbirine çarparak paramparça oldu. Üsküdar ile Beşiktaş arasında çok sayıda kayık ve gemi battı, yüzlerce kişi hayatını kaybetti.
1754-1757 yılları arasında hüküm süren Üçüncü Osman döneminde, bir Mısır kalyonu şiddetli bir fırtına sırasında Kumkapı’da karaya oturdu. Dalgalar nedeniyle gemideki 600 kişiye ulaşmak mümkün olmadı. Padişah sahile gelerek kurtarma çalışmalarını bizzat yönetti ve olayın ardından meşhur Ahırkapı Deniz Feneri inşa edildi.
